Первый православный храм на территории Черноморского округа был сооружен в память окончания Кавказской войны. Возводился он на территории бывшего Нанагинского укрепления в Даховском посаде.
В качестве строителя собора выступил статский советник агроном А.В. Верещагин, взявший обязательство соорудить его на частные средства. Закладка церкви состоялась 26 мая 1874 года. Через четыре года было завершено возведение каменных стен церкви и трапезной с железной крышей.
По разным обстоятельствам строительство храма затянулось на долгие годы, несмотря на помошь известного мецената С.И.Мамонтова, графа Ф.Ф.Сумарокова-Эльстона. 25 октября 1890 года сооружение храма завершилось. 24 сентября 1891 года состоялось торжественное освящение нового собора.